Friedrich gehörte zu dem ursprünglich aus der Oberlausitz stammenden, im Dreißigjährigen Krieg nach Schleswig-Holstein gekommenen Adelsgeschlecht Baudissin.

Er war der Sohn des Postdirektors Wolf Friedrich Ottomar von Baudissin und dessen erster Ehefrau Théonie, geborene von Mesmer-Saldern.

Baudissin trat am 15. April 1867 in die Preußische Marine ein.

Nach seiner Grund- und Schiffsausbildung auf den Segelfregatten Gefion und Niobe erfolgte am 1. August 1868 seine Ernennung zu dem Seekadetten.

Kurzzeitig war er in gleicher Funktion im Februar und März 1875 auf der Panzerfregatte Kaiser und wurde dort am 16. März zu dem Leutnant zur See befördert.

In den kommenden Jahren folgten Verwendungen an Bord des Aviso Loreley als Erster Offizier sowie als Wachoffizier auf der Segelfregatte Niobe und der Glattdeckskorvette Augusta.

Am 18. April 1884 erfolgte seine Ausreise auf dem Dampfschiff Taormina in die Südsee, um auf dem dort liegenden Stationsschiff Albatross zunächst als Erster Offizier, dann ab 20. November 1885 als Kommandant tätig zu sein.

Am 11. Dezember 1898 wurde er als Kapitän zur See Kommandant der Hohenzollern, der Yacht von Kaiser Wilhelm II. Dieses Kommando hat er bis zu dem 16. August 1902 inne.

Noch im gleichen Jahr wurde er dann Befehlshaber des I. Geschwaders der Hochseeflotte und in dieser Funktion am 27. Januar 1905 zu dem Vizeadmiral befördert.

Dieses Amt hatte er vom 29. Januar 1908 bis zu dem 5. September 1909 inne.

Zu der unmittelbar aus der Oberlausitz stammenden, im Dreißigjährigen Krieg nach Schleswig-Holstein gekommenen Adelsfamilie Baudissin gehörte Friedrich.

Der Sohn des Postschulleiters Wolf Friedrich Ottomar von Baudissin und dessen allererster Frau Théonie, gebürtige von Mesmer-Saldern war er.

In die Preußische Marine trat Baudissin am 15. April 1867 ein.

Seine Bestellung zu dem Fahnenjunker erfolgte nach seiner Schiffsbildung und Grundbildung auf den Segelfregatten Gefion und Niobe am 1. August 1868.

Er war zeitweilig in ähnlicher Position im März und Februar 1875 auf der Panzerfregatte Kaiser und er wurde ebenda am 16. März zu der Marine zur Meer ernannt.

Nutzungen an Bücherbord des Aviso Loreley als Erster Offizier als auch als Hellwachoffizier auf der Segelfregatte Niobe und der Glattdeckskorvette Augusta folgten in den nächsten Altersjahren.

Sein Abgang erfolgte am 18. April 1884 auf dem Dampfer Taormina in die Südsee, um auf dem ebenda kursiven Zwischenstationsschiff Albatross zuerst als Erster Offizier, danach ab 20. November 1885 als Kommandeur beschäftigt zu sein.

Er wurde am 11. Dezember 1898 als Schiffer zur Meer Kommandeur der Hohenzollern, der Jacht von Imperator Wilhelm II.. Er hat Dieses Oberkommando maximal bis zu dem August, der 16. ist, 1902 inne.

Er wurde überdies im ähnlichem Jahr danach Kommandant des I. Geschwaders der Hochseeflotte und in dieser Aufgabe am 27. Januar 1905 zu dem Generalleutnant ernannt.

Er hatte dieses Mandat vom 29. Januar 1908 maximal bis zu dem September, der 5. ist, 1909 inne.