Er war der Sohn des Krämers Jakob Kalkberner und der Helene Craschel, Schwester des aus Aachen stammenden Kölner Weihbischofs Theobald Craschel.

Nachdem im Jahr 1611 der aktuelle katholische Stadtrat einige evangelische Bürger, die im Umland protestantische Gottesdienste besucht hatten, festnehmen ließ und ihnen das Bürgerrecht entziehen wollte, kam es am 5. Juli 1611 zu dem Sturm der Protestanten auf das Aachener Rathaus und das Aachener Jesuitenkolleg.

Die Protestanten übernahmen einen Großteil der Ratssitze und Kalkberner wurde bei der folgenden offiziellen Bürgermeisterwahl im Mai 1612 zusammen mit dem Calvinisten Adam Schanternel zu dem neuen Bürgermeister der Stadt Aachen gewählt.

Wenige Wochen später führte er die Delegation an, die dem neuen Kaiser Matthias anlässlich dessen Krönung am 16. Juni in Frankfurt am Main die Reichsinsignien überreichen sollte.

Der kaiserliche Hof untersagte den Delegierten allerdings die Teilnahme, da die Rechtmäßigkeit der Amtsträger nicht geklärt sei, und die Übergabe wurde durch das Stiftskapitel vorgenommen.

Die Verhandlungen zogen sich vorerst ergebnislos hin und bei der nächsten turnusmäßigen Bürgermeisterwahl im Mai 1613 wurden von katholischer Seite zwar Joachim Berchem und Christian Meess gewählt, doch der mittlerweile evangelisch dominierte Rat setzte sich durch und ernannte mit Lambert und Jodokus von Beeck erneut zwei protestantische Zunftmitglieder zu dem Bürgermeister, denen ein Jahr später wiederum Kalkberner und Schanternel folgten.

Da die noch immer laufenden Verhandlungen mit der kaiserlichen Kommission weiterhin keine nennenswerten Ergebnisse brachten und zudem die Lage für die Katholiken durch wirtschaftliche und soziale Benachteiligungen immer schwieriger wurde, verhängte schließlich im August 1614 Kaiser Matthias erneut die Reichsacht über Aachen.

Mit Hilfe einer 16.000 Mann starken spanischen Armee aus den Niederlanden unter dem Kommando des Marquis Ambrosio Spinola wurden die reichsstädtischen Verhältnisse von 1598 wieder eingesetzt und der mehrheitlich evangelisch besetzte Stadtrat abgesetzt.

Johann Kalkberner selbst konnte sich einer Strafverfolgung durch seine Flucht in die Jülicher Lande entziehen, wo er spätestens im Jahr 1616 als verstorben gemeldet wurde.

Johann Kalkbrenner war zunächst verheiratet mit Apollonia von Beeck, die ihm sechs Kinder gebar, darunter den späteren Goldschmied Jakob Kalkbrenner, in dessen Haus in der Aachener Trichtergasse heimlich Predigten abgehalten wurden.

Der Sohn der Kauffrau Jakob Kalkberner und der Helene Craschel, Schwester des aus Aachen stammenden Kölner Taufbischofs Theobald Craschel war er.

Nachdem im Jahr 1611 das laufende katholische Stadtparlament einige evangelische Einwohner, die im Hinterland protestantische Messen absolviert hatten, gefangennehmen ließ und ihnen das Bürgerrecht abnehmen wollte, kam es am 5. Juli 1611 zu dem Sturm der Protestanten auf das Aachener Rathaus und das Aachener Jesuitenkolleg.

Einen Hauptteil der Ratsamtssitze übernahmen die Protestanten und bei der darauffolgenden gewissen Bürgermeisterwahl im Mai 1612 gemeinsam mit dem Calvinisten Adam Schanternel zu dem frischen Oberbürgermeister der Stadt Aachen ausgewählt wurde Kalkberner.

Er führte wenige Kindbetten später die Vertretung an. Die Vertretung sollte dem jungen Imperator Matthias anlässlich dessen Krönung am 16. Juni in Frankfurt am Main die Reichsschätze überbringen.

Der fürstliche Kreis untersagte den Delegierten jedoch die Beteiligung, da die Legalität der Postenträger nicht aufgeklärt sei, und die Einlieferung wurde durch das Stiftskapitel ausgeführt.

Die Beratungen zogen sich vorläufig unfruchtbar hin und bei der folgenden regelmäßigen Bürgermeisterwahl im Mai 1613 wurden von katholischer Hinsicht sicher Joachim Berchem und Christian Meess ausgewählt, doch der inzwischen protestantisch dominierte Kreis setzte sich durch und ernannte mit Lambert und Jodokus von Beeck neuerlich zwei protestantische Innungsmitglieder zu dem Rathauschef, denen ein Jahr später erneut Kalkberner und Schanternel folgten.

Da die weiterhin stets bleibenden Beratungen mit der kaiserlichen Kommission noch keine wesentlichen Erfolge brachten und zudem die Situation für die Katholiken durch ökonomische und soziale Benachteiligungenossenschaften ständig schwerer wurde, verhängte letztlich im August 1614 Imperator Matthias wiederholt die Reichsacht über Aachen.

Die Situationen, die reichsstädtisch sind, von 1598 wurden mit Unterstützung einer 16.000 Mann schweren spanischen Armee aus den Niederlanden unter dem Verband des Marquis Ambrosio Spinola erneut engagiert und das überwiegend protestantisch belegte Stadtparlament zurückgezogen.

Wo er spätestens im Jahr 1616 als gestorben bekanntgegeben wurde, konnte sich Johann Kalkberner persönlich einer Ermittlung durch seine Fluchtlinie in die Jülicher Lande entgehen.

Johann Kalkbrenner war zuerst geheiratet mit Apollonia von Beeck, die ihm sechs Nachkommen gebar, darunter die künftige Goldschmiedin Jakob Kalkbrenner, in dessen Wohnung in der Aachener Trichtergasse geheim Kanzelreden ausgerichtet wurden.