Die Verbindung zu seinem Heimatort erwies sich als richtungsweisend für seine gesamte Forschung, vom Studium bis hin zur Promotion.

Nach der Emeritierung Kötzschkes 1935 war Emmerich an der von Kötzschke gegründeten Nord- und Ostdeutschen Forschungsgemeinschaft, die sich mit der Wendenfrage befasste, beteiligt und entzweite sich mit dessen Nachfolger Adolf Helbok.

Er war dem Amt III, Deutsche Lebensgebiete und hier dem Referat Wissenschaft und Erziehung zugeordnet.

Ab Mai 1942 wurde er nach mehreren Anfragen von seinem Lehrposten in Bayreuth für die restliche Dauer des Krieges beurlaubt, um am Ostdienst des RSHA teilzunehmen, für den er sich 1941 freiwillig gemeldet hatte.

Er wurde im Amt III, Einsatzgruppe D Wirtschaft, eingesetzt, die bereits bis zur Krim vorgerückt war.

Ob Emmerich an Erschießungen und Vergasungen in den Ostgebieten teilgenommen hat, ist zwar zu vermuten, aber nicht beweisbar.

Nach der endgültigen Niederlage der Einsatzgruppe Ende Mai 1943 wurde Emmerich, da er sich im Einsatz gut bewährt habe, im August zu dem RSHA beordert und gehörte zu dem engsten Kreis des Herrschaftsapparats.

Werner Emmerich gelang nach 1945 eine relativ bruchlose Fortsetzung seiner akademischen Tätigkeit.

1951 erhielt Emmerich seinen Beamtenstatus zurück.

In Bayreuth veröffentlichte er dann wieder zur mittelalterlichen Siedlungsgeschichte und gilt vor allem aufgrund der Flur- und Straßenforschung bis heute als Traditionsträger der Siedlungsgeschichte im Stil von Rudolf Kötzschke.

Vom Ausbildung bis weg zur Versetzung erwies sich die Beziehung zu seinem Herkunftsort als richtunggebend für seine ganze Erforschung.

Nach der Pensionierung Kötzschkes 1935 war Emmerich an der von Kötzschke gegründeten Norddeutschen und Ostdeutschen Forschungsgemeinschaft, die sich mit der Wendenfrage befasste, teilgenommen und entzweite sich mit dessen Nachrücker Adolf Helbok.

Dem Amt III, Deutsche Lebensgebiete und diesbezüglich der Abteilung Bildung und Forschung zugeteilt war er.

Er wurde ab Mai 1942 nach mehreren Nachfragen von seinem Lehrbeitrag in Bayreuth für die verbleibende Periode des Krieges freigestellt, um am Ostarbeit des RSHA teilzunehmen, für den er sich 1941 gutwillig angemeldet hatte.

Im Amt III, Einsatzgruppe D Volkswirtschaft, verwendet wurde er. Die Volkswirtschaft war schon bis zur Krim vorgestoßen.

Ob Emmerich an Füsilladen und Vergasungenossenschaften in den Ostgebieten mitgewirkt hat, ist wohl anzunehmen, aber nicht belegbar.

Nach dem abschließenden Verlust des Einsatzkommandos Ende Mai 1943 wurde Emmerich, da er sich im Fronteinsatz stark bewiesen habe, im August zu dem RSHA geordert und gehörte zu dem engherzigsten Zirkel des Herrschaftsapparats.

Eine Fortführung, die recht bruchlos ist, seiner universitären Arbeit gelang Werner Emmerich nach 1945.

Emmerich erhielt 1951 seinen Beamtenrang zurück.

Er veröffentlichte in Bayreuth danach erneut zur mittelalterlichen Siedlungsgeschichte und er gilt vor allem aufgrund der Straßenerforschung und Flurerforschung bis jetzt als Überlieferungsträger der Siedlungsgeschichte im Manier von Rudolf Kötzschke.